Η διαφορά μεταξύ τους έγκειται στην «περίοδο παραθύρου» δηλαδή μια «αμφίβολη» θα λέγαμε περίοδο για το 100% ενός αρνητικού αποτελέσματος στον HIV.
Ως εκ τούτου, με μια εξέταση αντισωμάτων 3ης γενιάς, η περίοδος παραθύρου ανέρχεται στους 3 μήνες, πράγμα το οποίο σημαίνει ότι μπορούμε να είμαστε σίγουροι πως είμαστε αρνητικοί στον ιό HIV, σε όλη την ζωή μας μέχρι και 3 μήνες πίσω από την ημερομηνία εξέτασής μας.
Σχετικά με την περίοδο παραθύρου κατόπιν μιας εξέτασης 4ης γενιάς αντισωμάτων και p24 αντιγόνου (το οποίο εμφανίζεται την περίοδο της πρωτολοίμωξης), αυτή ανέρχεται στις 21 ημέρες μετά την πιθανή μας μόλυνση με HIV.